Σκοπός του Τμήματος Η Ανώτατη Εκκλησιαστική Ακαδημία ως παραγωγική σχολή της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Ελλάδα, ανήκει στην Τριτοβάθμια Εκπαίδευση (ΑΕΙ), εποπτεύεται από το Υπουργείο Παιδείας και πρόσβαση σε αυτήν έχουν οι επιτυχόντες κάτοχοι απολυτηρίου Γενικού Λυκείου ή άλλου ισότιμου σχολείου Δευτεροβάθμιας Εκπαίδευσης σύμφωνα με τους όρους του συστήματος εισαγωγής στην Τριτοβάθμια Εκπαίδευση. Η Σχολή έχει ως αποστολή της: Να καταστήσει τους φοιτητές της κοινωνούς των αξιών της Ορθόδοξης Πίστης και του Χριστιανισμού. Να παράσχει στους φοιτητές της την κατάλληλη αγωγή και τις αναγκαίες γνώσεις, μέσω της θεωρητικής και της πρακτικής εκπαίδευσης, σε ανώτατο μορφωτικό και πνευματικό επίπεδο, αφού «Πρᾶξις Θεωρίας Ἐπίβασις». Να προβάλει και να αξιοποιήσει της ιστορικές πηγές της Ορθόδοξης Πίστης και της Παράδοσης, τα μνημεία και τα κειμήλια της Ορθοδοξίας και τους εν γένει θησαυρούς της πνευματικής δημιουργίας και της πολιτιστικής κληρονομιάς της Εκκλησίας της Ελλάδος και της απανταχού Ορθοδοξίας, υπηρετώντας την Ορθόδοξη Εκκλησία. Να αναπτύξει στους φοιτητές πνεύμα ενότητας, αγάπης, συνεργασίας, που με τη σειρά τους θα μεταλαμπαδεύσουν στους πιστούς της Ορθοδοξίας και σε κάθε άτομο στον κοινωνικό περίγυρο της Ορθόδοξης Εκκλησίας στην Ελλάδα, με βασικό στόχο την ειρηνική αρμονική συμβίωση τόσο σε Εθνικό όσο και σε Οικουμενικό επίπεδο.